Após a definição dos clubes classificados para as Oitavas de Final da Copa do Brasil 2016, foram definidos também os representantes brasileiros na Copa Sul Americana 2016. Como Chapecoense e Figueirense acabaram eliminados da competição nacional, ingressam na fase brasileira da competição continental.
Desclassificada da Copa do Brasil pelo Atlético-PR, a Chapecoense disputará pela segunda vez a Copa Sul Americana. Em 2015, o Verdão do Oeste fez história avançando às semifinais, quando acabou eliminada pelo gigante argentino River Plate. A Chapecoense enfrentará o Cuiabá, campeão da Copa Verde de 2015.
Já o Figueirense disputará pela quarta vez a Copa Sul Americana e encara o Flamengo. O Alvinegro disputou as edições de 2004, 2007 e 2012. Curiosamente o Figueirense segue invicto na competição, em 2004 e 2012 foi eliminado nos pênaltis após empates e 2007 após dois empates com o São Paulo.
Veja os confrontos dos clubes brasileiros, as datas ainda serão confirmadas pela :
Figueirense X Flamengo
Cuiabá X Chapecoense
Vitória X Coritiba
Santa Cruz X Sport