O Joinville chegou a final da última Copa Santa Catarina, ficando com o vice-campeonato. Sendo um dos maiores campeões da competição, o Coelho quer manter a tradição para buscar uma boa trajetória na Copa SC. Além de ter a chance de terminar o ano com o título, a conquista pode representar um calendário mais robusto ao JEC em 2027.
O Joinville teve o retorno a Copa do Brasil em 2025. O clube avançou na segunda fase diante do CSA-AL e foi eliminado na fase seguinte pelo São Bernardo-SP. O tricolor entrou em campo no Catarinense Fort Atacadista, onde não avançou para a segunda fase e disputou o quadrangular do descenso. Sem garantir a permanência, o clube jogará a Série B do Catarinense em 2027. Seguindo na temporada, o clube atuou na Série D do Brasileiro, onde acabou eliminado na primeira fase do grupo A 15 por conta do saldo de gols. A campanha teve quatro vitórias, três empates e três derrotas.
O Joinville terá como técnico uma figura emblemática do futebol brasileiro. Diego Souza, o segundo jogador com mais gols no Brasileirão Série A na era dos pontos corridos, assume o JEC para o seu primeiro trabalho de treinador. Com passagem pela Seleção Brasileira, o atacante possui no seu currículo dentro de campo as equipes do Fluminense-RJ, Flamengo-RJ, Benfica-POR, Grêmio-RS, Palmeiras-SP, Atlético-MG, Vasco-RJ, Cruzeiro-MG, São Paulo-SP, Sport-PE e Botafogo-RJ.
O JEC garantiu a permanência de alguns jogadores que já estavam no elenco da equipe, como o goleiro Thiago Rodrigues, o atacante Pedro Arthur, o zagueiro Vitão, o meia Gabriel Terra e o atacante Kennedy. Já foram anunciadas as chegadas de novas peças como o volante Lucas Bessa, que estava no Itabaiana-SE; o atacante Felipinho, que teve o Tombense-MG como último clube; e o meia Dieguinho, vindo do Sport-PE.
O primeiro jogo do Joinville na Copa SC será contra o Marcílio Dias no dia 30 de agosto, às 15 horas, no estádio Dr. Hercílio Luz, em Itajaí. O primeiro jogo do Coelho em casa será no dia 05 de setembro, às 15 horas, contra o Blumenau no estádio João Marcatto, em Jaraguá do Sul. O JEC entrará em campo como mandante na cidade vizinha por conta da obra de troca de gramado na Arena Joinville.